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登録免許税とは、不動産を購入または新築し、所有権の登記などを法務局に申請するとき納めます。端的に言えば、国に払う税金です。不動産には税金がたくさんかかるのです(笑)
不動産の登記は、ほぼすべて登録免許税がかかります。新築建物の保存登記、土地や建物の売買による所有権の移転登記、相続による移転登記、住宅ローンに伴う抵当権設定登記などなど。
ただ、登記簿の表題部を作成するための登記（土地の地番や建物の家屋番号など）には、基本的に登録免許税がかかりません。

では、この登録免許税はいくらかかるのでしょうか？ 登録免許税は、当該不動産の価格×登録免許税の税率で計算されます。
当該不動産の価格は、課税標準と呼ばれています。この課税標準は、都税事務所や各市町村役場の固定資産課税台帳に登録された価格となります。
しかし、抵当権の設定登記の場合には債権金額(一般的には借りた金額)が課税標準となります。
また、固定資産課税台帳に登録されていない新築の建物については、建物の構造別・用途別に各法務局が便宜上作成している価格が課税標準となります。

この課税標準に登録免許税の税率をかけたものが、登録免許税の額になります。

では、この登録免許税の税率はどれくらいなのでしょうか？

通常の居住用住宅の購入における登録免許税の税率は下記のとおりです。ただし、住宅用家屋については2009年3月31日まで軽減措置があります。

■税率(2008年8月11日現在)

所有権の保存登記 → 0.4%
*ただし、軽減税率 → 0.15%

所有権の移転登記 → 2.0%
*ただし、軽減税率 → 0.3%
また、土地の所有権の移転登記は → 1.0%(2009年3月31日まで)

相続による所有権の移転登記 → 0.4%

贈与・遺贈による所有権の移転登記 → 2.0%

抵当権の設定登記 → 0.4%
*ただし、軽減税率 → 0.1%

例えば、3000万円の居住用中古マンション（固定資産課税台帳に登録された価格は土地部分が5000万円、建物部分が1000万円）を買った場合

500万円×1%＋1000万円×0.3%＝8万円
(軽減措置が適用される場合)

500万円×1%＋1000万円×2.0%＝25万円
(軽減措置が適用されない場合)

が、登録免許税として必要となります。

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